プロテオミクス、バイオマーカー探索・定量、薬物動態解析、前処理・合成・処方の自動化など、研究・分析のご相談ならエーエムアール（AMR）へ

ホルマリンで架橋されたタンパク質を消化・抽出する特殊な試薬や、切片をマイクロダイセクションによりコンタミなしで回収可能なスライドガラスの開発、そしてインターフェースを含むナノフローLC/MSシステムの細部に亘る最適化により、FFPE組織切片を用いたプロテオミクスが現実になりました。

LMD, 超高感度NanoLC/MSを用いたプロテオミクス - 受託解析（pdf）

主な実例

   2011JHUPO胆道癌新規診断バイオマーカー候補のSRM MSマルチプル検証アッセイ.pdf

2010JHUPO胆道癌FFPE組織を用いた網羅的プロテオーム解析による新規バイオマーカーの探索と検証.pdf

2010JHUPOホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）組織切片の臨床プロテオーム解析における基礎パラメータの検討.pdf

2010JHUPO_FFPE組織を用いたレトロスペクティブプロテオミクスによる膵癌新規予後予測マーカーの探索.pdf

Kawamura T, Nomura M, Tojo H, Fujii K, Hamasaki H, Mikami S, Bando Y, Kato H, Nishimura T. "Proteomic analysis of laser-microdissected paraffin-embedded tissues: (1) Stage-related protein candidates upon non-metastatic lung adenocarcinoma." J Proteomics. 2010 Apr 18;73(6):1089-99. Epub 2009 Nov 27.

Nishimura T, Nomura M, Tojo H, Hamasaki H, Fukuda T, Fujii K, Mikami S, Bando Y, Kato H. "Proteomic analysis of laser-microdissected paraffin-embedded tissues: (2) MRM assay for stage-related proteins upon non-metastatic lung adenocarcinoma." J Proteomics. 2010 Apr 18;73(6):1100-10. Epub 2009 Nov 24.

 Harubumi Kato, Toshihide Nishimura, Takashi Hirano, Masaharu Nomura, Hiromasa Tojo, Kiyonaga Fujii, Takeshi Kawamura, Sayaka Mikami, Makoto Kihara, Yasuhiko Bando, Masahiro Tsuboi, Norihiko Ikeda, and Gyorgy Marko-Varga "A Clinician View and Experience of Proteomic Studies in the Light of Lung Cancer in Japanese Healthcare" J. Proteome Res., 2011, 10 (1), pp 51–57

四重極タイプの質量分析装置を用いSRMという解析モードを駆使することで、目的のペプチドやタンパク質の微量定量が可能になりました。抗体を用いることなく、ラベルなしに、一度の解析（アッセイ）で複数（１００種類前後）の定量アッセイが可能です。Genomics,Transcriptomicsや文献などから特定されたターゲットタンパク質からInsilicoで定量アッセイをデザインすることも可能になってきました。

NanoLC/MSを用いた定量プロテオミクス - 受託解析（pdf）

主な実例

臨床バイオマーカー研究における質量分析手法の諸課題と可能性.pdf

Nishimura T, Nomura M, Tojo H, Hamasaki H, Fukuda T, Fujii K, Mikami S, Bando Y, Kato H. "Proteomic analysis of laser-microdissected paraffin-embedded tissues: (2) MRM assay for stage-related proteins upon non-metastatic lung adenocarcinoma." J Proteomics. 2010 Apr 18;73(6):1100-10. Epub 2009 Nov 24.

Quantitative IGF-1R Analysis in FFPE Rhabdomyosarcoma Tissue

タンパク質やペプチド研究においてリン酸化などの翻訳後修飾は機能解析において重要な役割を持っています。脳などの組織などを扱う場合、処理の過程でプロテアーゼ活性により脱リン酸化やDegradationなどが迅速に起こってしまい、Intactなタンパク質やペプチドを解析するのは非常に困難です。この問題を解決できる新技術としてHeat Stabilization法によるサンプル前処理法が開発されました。

主な実例

JHUPO2011セミナー資料（PDF）

特に脳や膵臓など、酵素が多く存在する組織におけるペプチドーム解析を行う場合、分析するまでにターゲットである内因性のペプチドが消化されてしまっている、もしくは他のタンパク質消化物のノイズで分析が困難になってしまっている状況が多く見られます。この問題がUppsala大学で開発された新しいサンプル安定化法で解決しました。

主な実例

JHUPO2011セミナー資料（PDF）

LC/MS により極性の低いセラミドなどから極性の高いリン脂質までを 一斉に定性、定量解析を行うことが出来ます抽出法を変えることことによりガングリオシドの詳細解析（GM1,2〜）も可能です。ラフトドメイン、細胞膜、皮膚からの脂質抽出前処理から解析までトータルな受託解析を行います。

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