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メタボロミクス・プロテオミクス
2016/01/14

【メタボロミクス・プロテオミクス】FFPEからのバイオマーカー探索

AMRレポート

ホルマリンで架橋されたタンパク質を消化・抽出する特殊な試薬や、切片をマイクロダイセクションによりコンタミなしで回収可能なスライドガラスの開発、そしてインターフェースを含むナノフローLC/MSシステムの細部に亘る最適化によりFFPE組織切片を用いたプロテオミクスが現実になりました。

LMD, 超高感度NanoLC/MSを用いたプロテオミクス - 受託解析(pdf)

主な実例

2011JHUPO胆道癌新規診断バイオマーカー候補のSRM MSマルチプル検証アッセイ.pdf

2010JHUPO胆道癌FFPE組織を用いた網羅的プロテオーム解析による新規バイオマーカーの探索と検証.pdf

2010JHUPOホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)組織切片の臨床プロテオーム解析における基礎パラメータの検討.pdf

2010JHUPO_FFPE組織を用いたレトロスペクティブプロテオミクスによる膵癌新規予後予測マーカーの探索.pdf

Kawamura T, Nomura M, Tojo H, Fujii K, Hamasaki H, Mikami S, Bando Y, Kato H, Nishimura T. "Proteomic analysis of laser-microdissected paraffin-embedded tissues: (1) Stage-related protein candidates upon non-metastatic lung adenocarcinoma." J Proteomics. 2010 Apr 18;73(6):1089-99. Epub 2009 Nov 27.

Nishimura T, Nomura M, Tojo H, Hamasaki H, Fukuda T, Fujii K, Mikami S, Bando Y, Kato H. "Proteomic analysis of laser-microdissected paraffin-embedded tissues: (2) MRM assay for stage-related proteins upon non-metastatic lung adenocarcinoma."J Proteomics. 2010 Apr 18;73(6):1100-10. Epub 2009 Nov 24.

Harubumi Kato, Toshihide Nishimura, Takashi Hirano, Masaharu Nomura, Hiromasa Tojo, Kiyonaga Fujii, Takeshi Kawamura, Sayaka Mikami, Makoto Kihara, Yasuhiko Bando, Masahiro Tsuboi, Norihiko Ikeda, and Gyorgy Marko-Varga "A Clinician View and Experience of Proteomic Studies in the Light of Lung Cancer in Japanese Healthcare" J. Proteome Res., 2011, 10 (1), pp 51–57

Masaharu Nomura, Tetsuya Fukuda, Kiyonaga Fujii, Takeshi Kawamura, Hiromasa Tojo, Makoto Kihara, Yasuhiko Bando, Adi F Gazdar, Masahiro Tsuboi, Hisashi Oshiro, Toshitaka Nagao, Tatsuo Ohira, Norihiko Ikeda, Noriko Gotoh, Harubumi Kato, Gyorgy Marko-Varga and Toshihide Nishimura."Preferential expression of potential markers for cancer stem cells in large cell neuroendocrine carcinoma of the lung. An FFPE proteomic study." Journal of Clinical Bioinformatics.,2011, 1:23